世界各地でくらす８人の子どもたちは、呼び出しがあると、光り輝く扉を抜けてステーションに集結する。彼らの名前は「ビーグルズ」。生物、宇宙、恐竜、岩石…など得意分野を持った子どもたちによって組織された秘密の探検隊だ。
ステーションでは毎回、地球上のいたるところで起こっている問題・事件について、のミッションが発表される。そして、それぞれの得意な分野に応じて選ばれた２人が「ビーグル号」に乗り込んで現場へ急行。科学の知識とチームワークで世界を救う！

今回チームに与えられたミッションは、南太平洋上で回遊ルートから外れてしまったザトウクジラの群れを、もとのルートに戻すこと。
でもそのミッションを完了したと思ったら、子クジラが１匹迷子になっていることが発覚！　果たしてビーグルズは子クジラを探し出し、無事に親のいる群れに返してあげることができるのか！？
海の専門家・コナーの海洋生物や海の環境、潜水艦の機材等についての知識と、バディを組む宇宙の専門家・アイラの天文航法の知識を生かして、ミッションに挑む！