敏腕諜報員エージェント、〈黄昏〉ことロイド・フォージャーのもとに進行中のオペレーション〈梟〉の担当を変更するという指令が。
その頃イーデン校では、優勝者に”星”が授与されると噂の調理実習が実施されることに。オペレーション〈梟〉の担当を維持するため、ひいては世界平和を守る為、審査委員長である校長の好物、伝統菓子≪メレメレ≫を作ることをロイドはアーニャに提案する。
フォージャー家は≪メレメレ≫の本場フリジスへ向かうことに。
一方ヨルは、ロイドと謎の女の不審な現場を目撃していた。不安を抱えた家族旅行がはじまった――。
そんな旅行の最中、列車内でアーニャは怪しげなトランクケースを発見。その中にはなぜかチョコレートが……。
うっかり飲みこんでしまったアーニャだったが、そのチョコレートには世界を揺るがすある秘密が隠されていた……！！

世界の命運は、またしてもこの仮初めの家族に託されてしまった――。
劇場版のストーリーを完全小説化！！