警察が探している行方不明の少年少女・金柑寺と冬芽。２人とも「３３１さん」という謎の人物と関わっていた。安土真の率いる放課後カイケツ団は、金柑寺が残した暗号地図の解読に挑み、行方不明の少年少女探しに乗り出す！
さらに、ウータンの偶然の発言をきっかけに、３３１さんの家を発見できた放課後カイケツ団のメンバーは、さっそく潜入を試みる。ところが、そこに金柑寺と冬芽の姿はなく、思わぬ危険が待ちかまえていた……。はたして、放課後カイケツ団は消えた少年少女を見つけ、事件の真相にたどりつくことができるのか！？