本書は、2007年刊行の『ゲノム進化学入門』を大幅に拡充し、2018年刊行の”Introduction to Evolutionary Genomics”ーSpringer社ーに書かれている内容およびそれ以降の研究の進展を書きこんでアップデートな内容にしたものです。
　３部構成となっており、第１部「進化は生物学を統合する」は、DNAからゲノムへ、DNAからタンパク質へ、生物界の階層構造、生命の歴誌の４章を含みます。第２部「ゲノム進化のメカニズム」では、突然変異、系統樹、集団の遺伝、ゲノムの長期進化を論じます。第３部「ゲノム進化の研究法」では、ゲノム配列の決定とデータベースの利用、整列と置換数の推定、系統関係の復元、集団進化史の解析、そして最後にゲノムと表現型をつなぐというゲノム進化研究の諸方法について解説しています。
　著者は学生時代から一貫して分子進化学、その後はゲノム進化学の研究をてがけてきました。大学院時代に開発した系統樹作成法のひとつである近隣結合法は、現在でも世界中で広く使われています。また最近終了した「ヤポネシアゲノム」プロジェクトでは、50名前後の研究者が日本列島人（ヤポネシア人）の起源と成立について様々な視点から研究をおこなったものですが、著者はその領域代表でした。これら最新の研究成果についても、本書には盛り込まれています。