世界各地でくらす８人の子どもたちは、呼び出しがあると、光り輝く扉を抜けてステーションに集結する。彼らの名前は「ビーグルズ」。生物、宇宙、恐竜、岩石…など得意分野を持った子どもたちによって組織された秘密の探検隊だ。
ステーションでは毎回、地球上のいたるところで起こっている問題・事件について、のミッションが発表される。そして、それぞれの得意な分野に応じて選ばれた２人が「ビーグル号」に乗り込んで現場へ急行。科学の知識とチームワークで世界を救う！

今回のミッションでは、なんとジュラ紀にタイムスリップ！　始祖鳥の卵を守るはずが……アロサウルスの群れや翼竜に追われ、ケガをしたステゴサウルスに遭遇、さらに地震まで発生…！ どうなる、ビーグルズ！？
恐竜の専門家・ユウナと岩石のスペシャリスト・チェンが、ミッションに挑む！