マグメル深海水族館は、東京湾の水深２００メートルにある世界唯一の水族館。ここでは、深海に潜む生き物たちを身近に観察することができる。清掃員のアルバイトとして働く天城航太郎は、館長の大瀬崎湊人の勧めで飼育補助員を始める――。なかなかエサを食べてくれないチョウチンアンコウや死ぬ間際のメンダコ、深海に戻れなくなってしまった野生のオンデンザメの救出など、さまざまな出来事が航太郎に降りかかる――。