スーの住む村では、代々魔女が選ばれ、村を守り、特別な植物を育ててきた。魔女に選ばれるのはいつも、村人のなかで賢くて優しい女性たち。ある日スーは、いまの12番目の魔女から、「13番目の魔女」に選ばれる。あまのじゃくなスーはとんでもないと断ろうとするが、魔女の家のドアを開けると、なぜかべつの魔女の時代に飛ばされていて……。歴代の魔女たちに会い、11の時代を行き来するうちに、スーは村に秘められた事実に気づいていく。たった一人で旅を終えたスーがくだした選択は──。