西暦2205年。「歴史修正主義者」による過去への攻撃が始まった。歴史の改変を防ぐため、時の政府により「審神者」が過去に遣わされた。審神者によって励起されたのは、刀剣に宿る付喪神「刀剣男士」。彼らは歴史を守るため戦いへと身を投じて行くのだった。
審神者から刀剣男士たちに新たな出陣の命が下る。加州清光を隊長に、三日月宗近、小狐丸、石切丸、岩融、今剣という編成が組まれ、彼らは、文治5年の奥州平泉・阿津賀志山の戦場へと赴くことに──。