西暦2205年。「歴史修正主義者」による過去への攻撃が始まった。歴史の改変を防ぐため、時の政府により「審神者」が過去に遣わされた。審神者によって励起されたのは、刀剣に宿る付喪神「刀剣男士」。彼らは歴史を守るため戦いへと身を投じて行くのだった。
審神者から刀剣男士たちに出陣の命が下った。蜂須賀虎徹を隊長に加州清光、大和守安定、和泉守兼定、堀川国広、長曽祢虎徹という編成が組まれる。